南京大学生物制药工程研究中心暨教育部蛋白质与多肽药物工程研究中心是2004年初所组建的，2006年由教育部正式批准立项，2008年底通过教育部验收。“中心”目前已拥有一支由24位在美国留学工作多年的资深科学家领衔的80余人的研发团队，以及8000平方米的生物制药技术研发实验室、2000平方米年产2千克蛋白质与多肽药物的基因工程中试研究平台、1000平方米临床前研究动物实验室。
“中心”具备了新药研发从实验室研发到中试与工业化生产的的完整工作系统，在发酵、抗体工程细胞株构建、哺乳动物细胞培养、分离纯化、制剂配方等关键工艺技术方面均取得独创性的重大突破的基础上，逐渐建立起四大研发平台，来解决蛋白质与多肽新药生产中的关键技术问题：1）以分子医学为基础的蛋白质及多肽新药研发平台：用于新药研制；2）蛋白质及多肽药物基因工程生产工艺研发平台：用于生产工艺的开发；3）蛋白质及多肽药物质量检测技术平台：用于质量检测；4）临床前实验动物研发平台：用于临床前研究。
围绕“蛋白质与多肽新药发现、发明以及生产工艺的研制”等工作方向，“中心”建立了包括糖尿病、骨质疏松、动脉粥样硬化、肿瘤、脑卒中等多种动物疾病模型，研制了一批拥有自主知识产权的蛋白质及多肽新药。与此同时，“中心”与多家生物医药企业展开合作，利用“中心”技术平台为企业提供技术指导和人才培养服务。